ידוע שהמלשינות והמסירה שהייתה בשנת תקנ"ט, לא הייתה באופן אישי נגד אדמו"ר הזקן, וגם לא באופן פרטי נגד שיטת חב"ד, אלא נגד כללות תורת ושיטת החסידות, כמו שמפורש בכתבי המלשינות והחרמות של הימים ההם, וכפי שראו אחר כך במסמכים הנמצאים בארכיון הקיסר, שהכוונה הייתה להשמיד להרוג ולאבד את כל החסידות! ועוד התייחסו לזה כתיקון עבור כלל ישראל, שכן כת החסידים מצהירים כי הם שייכים ל"דת משה וישראל", וממילא השמדתם תהיה לתועלת כל כלל ישראל! ונמצא שם גם ביטוי של אחד מראשי המנגדים, שהדבר הכי קשה עבורו הוא, אם הוא יסתלק מן העולם בלא שהצליח לעשות כליה בעדת החסידים. השם "חב"ד" לא הוזכר שם כלל, והביטוי בו נקראים שם החסידים הוא "כת הקרלינים".
הם שרפו את ה"תולדות יעקב יוסף" ואת "צוואת הריב"ש" ("הגם שבאמת אינה צוואתו ולא ציוה כלל לפני פטירתו רק הם לקוטי אמרותיו הטהורות שלקטו לקוטי בתר לקוטי", כמו שכתב רבנו הזקן באגרת הקודש סימן כה), שדנו אותם בוילנא לשורפם בפומבי, על־מנת "לבער קוצים מן הכרם".
ואם כך, נשאלת השאלה: מדוע נתפסו דווקא על רבנו הזקן מבין כל מנהיגי וצדיקי החסידות לענותו בכבלי ברזל?
ויש לבאר בפשטות:
רבנו הזקן "הנגיש" את תורת הבעל שם טוב לחוגים היותר רחבים, וליהודים בכל המצבים והרמות; אמנם ספרו התניא נקרא "ספר של בינונים", אשר "בינוני" על־פי התניא הוא מי "שלא עבר עבירה מימיו ולא יעבור לעולם" – בתחילת פרק יב הוא אומר ש"מדת הבינוני היא מדת כל אדם ואחריה כל אדם ימשוך", ואם כן הרי הוא מדבר אודות בעלי דרגא בלבד – איברא, כאשר מעיינים בתוך הספר, נוכחים לדעת שהוא מדבר לכל הדרגות בבני ישראל, וכלשונו בפרקים יותר מאוחרים "יש דרך ישר לפני איש שווה לכל נפש", ושוב "דרך השווה לכל נפש", וכמו כן בפרק כט, כשמדבר על מצב בו יש לאדם "טמטום הלב שנעשה כאבן", הוא לא מחביא את הדברים, ואומר בפירוש "ובפרט כשיזכור טומאת נפשו בחטאת נעורים והפגם שעשה", הרי שהוא מדבר לא רק למי "שלא עבר עבירה מימיו" – אפילו לא במחשבה, אלא על מי ששייך לדבר מאוס זה. וגם בפרק מב, כשמדבר אודות "נפש שפלה בטבעה ותולדתה ממקור חוצבה . . ולא תוכל למצוא במחשבתה האלוקות כי אם בקושי ובחזקה, ובפרט אם הוטמאה בחטאת נעורים שהעוונות מבדילים כו'" – רבנו הזקן משפיל עצמו גם למי שאינם נמצאים כלל בדרגא גבוהה, אלא הוא ספר "השווה לכל נפש" (ונמצא שמי שסבור שדברי רבנו בתניא אינם שייכים אליו, הם לא "שווה" עבורו, יתכן כי הוא אינו בכלל "נפש" אלא הוא כבהמה ממש...).
ממילא אינו פלא כלל מדוע נטפלו דווקא אליו – משום שהוא הוא זה שהוריד את עצמו והכניס את עצמו לחוגים היותר רחבים, להאיר את עיניהם ולקרב את לבם לאביהם שבשמים.
אנו אומרים בתפילה "ברוך הוא אלוקינו שבראנו לכבודו והבדילנו מן התועים ונתן לנו תורת אמת וחיי עולם נטע בתוכנו" – מה הפירוש "והבדילנו מן התועים"?
"תועה" פירושו – אחד שהולך בדרך, ובאמצע הילוכו הוא תעה, ויתכן גם שלאו דווקא שהוא התחיל ללכת בדרך ובאמצע הוא תעה, אלא שהוא מחפש את הדרך הנכונה וברצונו ללכת בה, אבל היא אינה ידועה לו. ומובא בספרים, שזוהי הכוונה "והבדילנו מן התועים", שאין הכוונה לשלול את אלו שאין הולכים כלל בדרך התורה, הם לא נקראים אפילו "תועים", כי אינם כלל בכיוון של הדרך, אלא הכוונה היא על מי שהולכים בדרך התורה, או לפחות מחפשים אותה, אבל בכל זאת הם יכולים לטעות. ובכל זאת ברוך הוא ש"הבדילנו מן התועים", כי אנו הולכים בדרך כבושה וסלולה.
מה היא הדרך הסלולה? – "ונתן לנו תורת אמת". הכינוי הנפוץ לתורת הקבלה הוא "אמת", חכמי הקבלה נקראים בספרי הפוסקים "חכמי האמת", משום שכאן נמצאת "אמיתה של תורה". הרי תורת הנגלה אינה אלא "משל", כמו שכתב רש"י בריש פרשת משפטים ש"כאשר יאמר משל הקדמוני", היא התורה שהיא משל לקדמונו של עולם. הגליא דתורה היא רק "משל" למה שחבוי בתוך התורה – לנסתר דתורה.
והיות שרבנו הזקן כל כך הוריד עצמו, שעל־ידי שפרסם את תורת הבעש"ט שהיא "תורת אמת", ועל־ידי זה "והבדילנו מן התועים", ויתרה מזו – "וחיי עולם נטע בתוכנו", דיש לומר הפירוש בזה על־דרך שכתב בתניא בפירוש "אהבת עולם" – "שהיא בחי' צמצום אורו הגדול הבלתי תכלית להתלבש בבחי' גבול הנקרא עולם", וכך גם כאן "חיי עולם" פירושו שהתורה מלמדת כיצד יהודי יכול לחיות בעולם הזה במעשיו ותהלוכותיו, להיות "בכל דרכיך דעהו", כיצד להעלות את העולם לקדושה, לחיות בחיי העולם בדרגא של קדושה, אם הוא בחנות או בבית החרושת, אם הוא בעל מלאכה או שהוא סוחר, שם הוא יבצע את הכוונה העליונה לברר ולזכך את העולם –
לכןאת עיקר הרדיפה כיוונו לרבינו הזקן, שהפיץ את תורת הבעל שם טוב לכל הסוגים בבני ישראל ולכל הדרגות ובכל המצבים והאופנים!