ספר התניא אינו רק אחד מספרי היסוד של החסידות, הוא גם אחד מספרי המוסר הגדולים שנכתבו בזמן מן הזמנים. אף על פי שהמחבר מצניע את עצמו כ"מלקט" - זהו ספר מקורי הן בתפיסתו היסודית והן בתוכנן של הערות-אגב המרובות שבו. ואף שהמחבר מרבה להעיר שאין הספר מכוון אלא לחוג מצומצם - "ביודעיי ומכיריי" - זהו ספר החותר לפתרון הבעיות בדרך הכוללת ביותר, שאינה מיוחדת לאדם מסויים, לזמן מסויים, ואף לא לתפיסת עולם מיוחדת.
ספרי המוסר ברובם עוסקים בבירורן של בעיות פרטיות ובדרכים שבהן יוכל האדם להגיע להישגים ידועים בתחומים מוגדרים. בדיון מפורט שכזה יש צד של יתרון, שכן הוא מכוון לשאלות מסויימות ומבוררות ששואל האדם את עצמו ומשום כך אף התשובות שהוא מגיע אליהן הן מבוררות ומוגדרות. אך לעומת יתרון זה ישנו חסרון בהגבלת הדיון לאותן בעיות מיוחדות שהספר עוסק בהן, וממילא, הפתרונות אף הם יפים לאנשים מסויימים בלבד. אדם אחר יכול לעמוד בפני ספר כזה, להתרשם שהוא אכן יצירה גדולה ועמוקה, ויחד עם זאת, כספר מוסר, לא ידבר אליו, תחושתו תהי' שאין בזה תשובה היפה לבעיותיו שלו, לאישיותו המיוחדת ולמצבו באותה שעה. לעומת זאת, ספר התניא אינו מטפל בעיקרו בבעיות פרטיות אלא חותר להגיע אל שרשי הדברים, להעמיד את בעיות האדם על הנוסחה היסודית ביותר ולפתור את הבעיות בדרך הכוללת ביותר. הספר מבוסס על הכללה מעמיקה מאד של בעיות הנפש הפנימיות, הוא דן במקורן הראשון של הבעיות, בטוב וברע בכללם, ככוחות יסודיים ומהותיים שבנפש. ההדרכה שבספר התניא מכוונת את האדם לראות את אלפי הסבכים, הספקות והיצרים שבתוכו - כגילויים של בעיית יסוד אחת - המאבק בין הטוב והרע שבתוך נפשו שלו.
ואכן, אף כי הספר כתוב באיפוק רב, הריהו מצייר בתנופה ואף בדראמטיות עצורה את חייו של האדם - כמערך מלחמה עצום המתחולל במשך כל ימי חייו בין הטוב והרע, בין הדחפים הכופים את נפשו לרדת למטה לבין השאיפה להעפיל כלפי מעלה. פרקי הספר המשתלשלים זה מזה ומשולבים זה בזה מובילים את הלומד בו להכיר את פנים הנפש, את השניות המהותית שבתוכה, את מערכי הכוחות הנלחמים, את יתרונותיהם וחולשותיהם, את דרכי המלחמה ותהפוכותיה.
בגישתו מתוך הגדרה זו של המאבק הפנימי שבנפש - עולה גם הפתרון המתאים. אין זו מלחמת השמד, שבה משתדל האדם כביכול לכלות ולהשמיד חלק מתוך נפשו. הנפש הבהמית הרי אינה רעה בעיקרה, ולכן המאבק נגדה הוא בעצם מאבק חינוכי. תפקיד האדם הוא לחנך את הנפש הבהמית, להעלותה לדרגה גבוהה יותר של הכרה והבנה - עד שתהא מסוגלת להגיע לכלל איחוד, במטרות ובשאיפות, עם הנפש האלוקית שבאדם. ובדרך זו, להרמוניה מלאה של גוף ונפש, ארציות ועילאיות.של המחבר למלחמה זו יש כעין פתח של גישה חדשה. המלחמה שבנפש האדם, אינה מלחמה בין "טוב" ל"רע" (וכמעט שאין הוא משתמש בכינויים אלה, אלא אם כן הוא זקוק לשבר את האוזן על ידי הלבוש הסמאנטי הרגיל), זו מלחמה בין שני היסודות שבנפש האדם: "הנפש הבהמית" ו"הנפש האלוקית". הנפש האלוקית היא חלק הנפש השואף אל האלוקי, בכל דרכי ביטויה, והנפש הבהמית היא חלק הנפש הקשור אל הוויות העולם הזה. ואולם, אין אלה רק חילופי שמות למושגים של טוב ורע, גוף ונפש, כי אם חלוקה דקה ומעודנת יותר. הנפש הבהמית מטבעה איננה רעה. ויתר על כן, מטבעה אין היא נמשכת אל התאוות הגופניות דווקא. הנפש הבהמית יכולה להתעדן ולהשכיל, ולהגיע להישגים גדולים בחיי הרוח - ועם כל זה - להישאר בבהמיותה. "הנפש הבהמית" משמעה - נפשו של האדם כיצור ביולוגי, כדרגת התפתחות מסויימת במערכת הזואולוגית. ברור, שגם בתחום זה עליון הוא האדם וביכולתו להגיע להישגים גדולים בתחומי המחשבה והרגש, ועם זאת - הוא נשאר בתחומם של בעלי החיים. לעומת זאת, הנפש האלוקית, בשאיפתה אל האלוקי - היא זו שיוצרת את דמות האדם. טבעה של הנפש האלוקית שהיא נכספת להתחבר ולהתבטל באלוקות. ורק בשאיפה זו, במאמץ המתמיד של הנפש האלוקית לשכוח את עצמה ואת צרכיה ולהגיע להזדהות עם האור האלוקי - קונה לו האדם את זהותו האמיתית - כאדם.
למלחמה המתמדת בנפשו של אדם, הנובעת מהשניות המהותית שבו, יש גם השלכות לגבי המוסר המעשי. במשך כל הדורות הכירו חכמי המוסר בצורך, כמעט בהכרח, להביא את האדם לכלל הזדהות פנימית שלימה עם המעשים שהוא עושה. ההנחה המקובלת היא שאם המעשה הוא מכני בלבד, ערכו המוסרי והרוחני הוא נחות בדרגתו. ואולם, לדרגה גבוהה כל כך של התכוונות פנימית יכולים רק בני אדם מועטים להגיע באמת, ואילו הרבים מתיאשים מן המאמץ הרוחני או מגיעים לכלל צביעות. ספר התניא, בהעמקתו במהות היחסים שבין שתי הנפשות באדם, מגיע לגישה שהיא שונה ואפילו מהפכנית בשאלה זו. אכן, לא כל אדם מסוגל להגיע לניצחון מלא של הנפש האלוקית על הנפש הבהמית, אבל לא כל אדם נדרש ומחוייב בכך. עצם המלחמה בתוך נפש האדם אינה דבר שלילי. יכול שיהי' אדם שלם לא רק מצד מעשיו הטובים, אלא אף בדיבוריו ואף במחשבותיו הפנימיות - בלא שתהי' שלימות של ממש בתוך נפשו. האדם נדרש לשלימות בלבושי הנפש, אבל אין הוא נדרש להגיע לשלימות במהות נפשו. ובכך, מוסר מסך הצביעות שגרמה לכל כך הרבה אנשים הדרישה להעלות את האדם למעלה מערכו. ההכרה בשניותה המהותית של נפשו מאפשרת לאדם שידע, בהכרה שלימה, שאין הוא שלם מבחינה מוסרית - ואף על פי כן יהי' בכוחו לשאוף בכל מאודו להגיע לידי מילוי תפקידו האלוקי. ומאחר והוא יודע שתאוותיו ומחשבותיו הבלתי רצויות נובעות מיסוד מהותי בתוכו, ואין הוא מצווה לעוקרן מהשרש - ממילא אין מציאותם בתוכו מהווה טרגדיה, אין היא מחייבת משבר פנימי ללא מוצא. אדרבה, דווקא בידיעה זו יכול האדם להגיע לשלימות בתוך נפשו. יכול הוא להיות כצדיק בכל פרטי חייו - ובאותה שעה להמשיך ולעמוד במאבק תמידי בתוך נפשו. דמות רוחנית זו מציב ספר התניא כמעמד מוסרי חדש - "הבינוני". הבינוני הוא גיבורו של הספר, אליו הוא מכוון, עליו הוא מספר, ועל שמו הוא נקרא. הבינוני הוא ה"עובד אלוקים", שכל ימיו הם מלחמת נצח למען האלוקי, שמאבקו עם נפשו הוא כולו המנון שבח לבורא. הבינוני כאידיאל שאליו ישאף האדם - פותח פתח לכל אדם, בכל מקום ובכל דרגה, למצוא את מקומו בכלל השואפים להיות עליונים - עובדי ה' באמת.
אמנם נקודות אלה, עם כל חשיבותן, אינה ממצות את כל תוכנו של ספר התניא. זהו ספר שהערות-האגב שבו וכן פרקי העזר שמסביב לנושא המרכזי, עניינם ולקחם אינם פחותים משל הנושאים המרכזיים. זהו ספר שככל שקוראים בו יותר - מגלים בו יותר רעיונות ומחשבות, תפיסת עולם שלימה וכוללת, תבנית יסוד של היסטוריה יהודית, והדרכה מוסרית באין ספור בעיות. זהו ספר שבהיקפו הכמותי המצומצם נתקפלה תורה שלימה בתמצית מגובשת, וכפי שביטא זאת ר' לוי יצחק מבארדיטשוב: תמה אני, כיצד אפשר להכניס א-ל גדול ונורא כל כך בתוך ספר קטן כל כך!
אם ניתן, בדרך כלשהי, להגדיר את ספר התניא הרי התפיסה השלימה ביותר למהותו של הספר מצוי' במסורת החסידית כפי שסיכם אותה האדמו"ר הקודם מליובאוויטש נ"ע: ספר התניא הוא תורה שבכתב בתורת החסידות, והלימוד בו כלומד בחומש, שהכל לומדים בו מגדול שבגאונים ועד קטן שבקטנים, כל אחד לפי ערכו יודע מה שיודע ואין אחד יודע מאומה.
